بدأ سماحة السيد بتحصيل العلوم الدينية منذ صغره على يد والده سماحة العلامة السيد مصطفى مرتضى، ثم توجه إلى النجف الأشرف لمتابعة تحصيله العلمي وذلك سنة 1382هـ. الموافق 1962م.
وقد درس المقدمات وأكثر السطوح، ثم في سنة 1388 هـ. قرر الانتقال إلى الحوزة العلمية في مدينة قم المقدسة...